Die Verwaltung ist die Drehscheibe der Landeskirche. Hier laufen die Arbeiten der Synode und des Kirchenrats zusammen. Von hier aus werden die Beschlüsse der Gremien vollzogen und die Informationen weitergeleitet. Die Verwaltung ist auch administrative Anlaufstelle für die Kirchgemeinden, die weiteren Aargauischen Landeskirchen, das Bistum, die interkantonalen kirchlichen Gremien und weitere Stellen.